Administratorii fondurilor de investitii alternative percep, de regulă, un comision anual de administrare mai ridicat decât fondurile tradiționale, pentru a acoperi costul echipelor de investiții specializate, due diligence, structuri juridice complexe și monitorizarea activelor ilichide. 

Multe fonduri de investitii alternative au comision de performanță (carry), de exemplu un procent din profitul realizat peste un anumit prag (hurdle rate). Acesta aliniază, în teorie, interesele managerului cu ale investitorului, dar poate crea și stimulente pentru asumarea de riscuri suplimentare dacă structura nu e bine gândită. 

• Costuri de tranzacționare și operaționale. Investițiile în active ilichide necesită due diligence juridic, fiscal și tehnic (mai ales pentru imobiliare, infrastructură, credite). Există costuri de consultanță, evaluare, audit, custodie și raportare, care sunt suportate de fond și, deci, indirect de investitor. 
• Costuri de structurare și finanțare.  Fondurile care folosesc leverage (credite la nivelul fondului sau vehiculelor de investiții) suportă costuri de dobândă și de aranjare a finanțării. Acestea cresc riscul, dar pot amplifica și randamentele – e important să vezi cât levier folosește fondul.